江苏医药职业学院前身为新四军军部于1941年7月创办的华中卫生学校，1958年成立盐城医学专科学校、盐城中医专科学校，1964年改办盐城卫生学校，2005年升格为江苏医药职业学院。有解放、建军两个校区，占地面积694亩，建筑面积25.4万平方米，固定资产总值超6亿元，教学设备总值逾亿元，图书53.51万册。普通教育和成人教育在校生近万名，校内外专兼职教师655名，双师素质教师占比84.91%，教授34人，硕士以上学位教师143人，博士生导师1人，硕士生导师4人。有省优秀教学团队1个,省级教学名师、省“333工程”培养对象和中青年学术带头人及骨干教师培养对象16人。
学校是中国职教学会卫生教育专业委员会主任委员单位，全国康复治疗类专业教学指导委员会主任委员单位，全国医药卫生职教联盟教学管理组牵头单位，在全国卫生类高职院校教育教学改革中发挥了辐射引领作用。
学校是江苏省卫生计生委、教育厅和盐城市政府三方共建学校，是省内唯一一所由行业和教育主管部门及地方政府共同建设的高职院校。
学校是江苏省示范性高职院校建设单位，设有护理学院、药学院等7个教学单位，开设临床医学、护理、药学等23个专业。学校围绕专业建设实施内涵提升工程，以品牌专业建设为龙头，积极构建省、校“两级四类”品牌专业建设体系，现有药学省级A类品牌专业1个，有药学、医学影像技术国家重点建设专业2个，护理、康复治疗技术省级品牌特色专业2个，护理、药学、康复治疗技术专业（群）“十二五”高校重点专业群3个，国家和省级实训基地4个。
学校坚持开放办学，先后与加拿大圣劳伦斯学院、台湾长庚科技大学、美国西海岸超声学院等签订合作办学协议；与南京医科大学、盐城师范学院结对共建，聘请两校专家担任我校兼职专业带头人和科研顾问；与南京医科大学、徐州医科大学、连云港中医药高等职业技术学校、宿迁卫生中等专业学校、徐州市钟吾卫生学校合作举办高职本科“3+2”分段培养项目及中职高职“3+3”、“4+2”分段培养试点项目，积极构建现代职教体系。
学校在科学研究、人才培养、招生就业等方面成绩突出。建有江苏省博士后创新实践基地、江苏基层卫生发展研究中心、江苏省药品安全科普教育基地，先后承担国家和省自然科学基金、省社科重点项目及市级科研项目200余项，获省、市以上成果奖40余项。近五年来，全校教师发表SCI论文100多篇，核心期刊论文400余篇。学生获全国职业技能大赛个人和团体奖48项，其中一等奖14个。全国护士执业资格考试通过率连续三年保持100%，位列全省同类院校第一名。学校招生录取排名保持苏中苏北地区前茅，毕业生就业率在99%以上，专业对口率在95%以上。
近年来，学校荣获江苏省职业教育先进单位等省级以上表彰22项，连续五年获省卫生计生委直属单位综合目标考核一等奖，连续三年获省职业院校技能大赛先进单位。